Das mit Abstand populärste Format für digitale Audiodateien im Internet ist MP3. Dennoch war es bislang nicht möglich, offen lizenzierte MP3-Dateien auf Wikimedia Commons hochzuladen und von dort in die Wikipedia einzubinden. Grund dafür war eine Reihe von Patenten, die einer Implementierung von MP3-Codierung als freier Software entgegenstanden.
Nach dem Auslaufen des Patentschutzes verkündete nun die Wikimedia Foundation, zukünftig den Upload von MP3-Dateien nach Wikimedia Commons zu erlauben und verlinkt dabei auch gleich erste Dateien wie Chopins „Walzer in e‑Moll“. Gleichzeitig bringt diese Entscheidung aber auch neue Herausforderungen mit sich, weil wie in der Wikipedia üblich ausschließlich gemeinfreie oder frei lizenzierte (zum Beispiel CC BY oder CC BY-SA) Werke hochgeladen werden dürfen. Die überwiegende Mehrheit zeitgenössischer Musik ist jedoch restriktiver lizenziert und die urheberrechtliche Kontrolle der Uploads aufwändig. Zunächst bleibt die Möglichkeit zum MP3-Upload deshalb nur wenigen Nutzergruppen, unter anderem solchen mit Adminstratorrechten, vorbehalten. Eine schrittweise Lockerung dieser Regelung ist geplant.
An der Grundsatzentscheidung der Wikimedia Foundation, keine patentierten oder sonstwie unfreien Dateiformate zuzulassen, ändert sich demnach weiterhin nichts. Vor gut drei Jahren hatte es beispielsweise eine kontroverse Diskussion darüber gegeben, für Videos das weit verbreitete Containerformat MP4 zuzulassen. Einer der Gründe dafür war, dass die in Wikimedia Commons zulässigen Videoformate Ogg Theora und WebM auf vielen mobilen Geräten nicht betrachtet und mit mobilen Geräten aufgenommene Videos nicht einfach hochgeladen werden können. Letztlich wurde aus prinzipiellen Überlegungen entschieden, MP4-Uploads nicht zuzulassen, weil „jede Software in Wikimediaprojekten die Communitynormen hinsichtlich geistigen Eigentums, Patentstatus, Lizenzen oder Enkodierungsmethoden einhalten“ müsse.